Το Τελωνείο Αλεξανδρούπολης στεγάζεται σε μια από τις αποθήκες που βρίσκονται στο λιμάνι της πόλης και κατασκευάστηκαν το 1870 από την Εταιρεία Ανατολικών Σιδηροδρόμων.

Αυτά τα κτίρια εξυπηρετούσαν τις μεταφορές φορτίων από τον σιδηρόδρομο στο λιμάνι και αντίστροφα. Το 1915 τα κτίσματα των αποθηκών καταστράφηκαν από βομβαρδισμούς, ενώ επτά από αυτά ανακατασκευάστηκαν το 1930 περίπου. Τρεις από τις αποθήκες του Λιμένα Αλεξανδρούπολης έχουν χαρακτηριστεί διατηρητέα κτίσματα.