Ο ναός χτίστηκε το 1839, χρονολογία που αναγράφεται στις επιγραφές του ναού. Ανήκει στον τύπο της τρίκλιτης βασιλικής. Το κεντρικό κλίτος είναι αφιερωμένο στη γέννηση του Ιωάννη, προστάτη και  πολιούχου της Ξάνθης, το νότιο στον νεομάρτυρα Άγιο Γεώργιο και το βόρειο στον Ευαγγελισμό της Θεοτόκου. Ο ναός γιορτάζει στις 24 Ιουνίου και στις 29 Αυγούστου, ημέρες γέννησης και αποτομής της κεφαλής του, αντίστοιχα.