Ο ναός κτίστηκε στα μέσα του 16ου αιώνα και λειτούργησε αρχικά ως κεντρικό μουσουλμανικό τέμενος με το όνομα Ιμπραήμ Πασά. Μετατράπηκε σε ορθόδοξο ναό το 1926. Το 1945 εγκαινιάσθηκε και αφιερώθηκε στον Άγιο Νικόλαο.
Ο αρχιτεκτονικός ρυθμός διατηρεί εξωτερικά την ισλαμική τεχνοτροπία, αν και έχει καμπαναριό στη βάση του παλιού μιναρέ. Αργότερα, προστέθηκαν τα παρεκκλήσια του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου και του Αγίου Δημητρίου με αποτέλεσμα ο ναός να είναι τρισυπόστατος. Στον περιβάλλοντα χώρο του ναού, ανεγέρθηκε μνημείο σε ανάμνηση του ερχομού του Αποστόλου Παύλου στην Ευρώπη. Ο Απόστολος Παύλος είναι και ο ιδρυτής της τοπικής Εκκλησίας.
Ιερά Μητρόπολη Φιλίππων, Νεαπόλεως & Θάσου